Першу письмову згадку про заселення території тодішнього села знаходимо у грамоті 5 травня 1383 року. Тоді великий литовський князь Вітовт подарував Василю Карачевському пустош Княжу Луку між річками Морашками. На цій пустоші і був заснований населений пункт. У документах зустрічається кілька варіантів його назви: Черняхівці, Черніївці, Черніїв. Пізніше закріпилася назва Чернівці.
Відомо, що в 1432 році вони вже були значним населеним пунктом. У 1546 році стали власністю брацлавського шляхтича Білого Скіндера і за його прізвищем називалися Скіндерполем.
Під час Хмельниччини якийсь час місто було під контролем повстанців. Після того, як чернівчани взнали про несподіваний для повстанців та міщан напад коронного війська на Ямпіль взимку 1651 року, коли він був узятий (загинули близько 6000 козаків та волохів), вони вирішили здатись королівському війську для уникнення зайвого кровопролиття.
У ході декомунізації в Україні в липні 2016 року було перейменовано низку вулиць у Чернівцях, зокрема, вулиця Леніна стала Святомиколаївською.
До 2020 року було в складі Чернівецького району.
Відповідно до Розпорядження Кабінету Міністрів України від 12 червня 2020 року № 707-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Вінницької області.» увійшло до складу Чернівецької селищної громади.
